První zmínka o daru píseckému klášteru od Alberta z Kestřan, Kestřanští z Kestřan
Kestřany jsou starého původu. Byly založeny už ve 14. století. Roku 1315 je první písemná zmínka o daru píseckému klášteru od Alberta z Kestřan, Kestřanští z Kestřan. On i jeho synové Michal, Šimon a Bartoloměj byli velmi pobožní.
Kestřany připadly Buzkovi, Přibíkovi a Jakubu ze Lhoty
Po úmrtí sirotků měly Kestřany připadnout králi, ale na něm si je vyprosili Buzek, Přibík a Jakub ze Lhoty.
Sídlo Arnošta Údražského z Kestřan
V Horní tvrzi sídlí Arnošt Údražský z Kestřan.
Sídlo Mikuláše Barocha
Na Dolní tvrzi sídlí synové Mikuláše Barocha.
Prodána Horní tvrz
Roku 1446 byla Horní tvrz včetně dvorců prodána Vaňkovi Koktanovi. Dědictvím připadla jeho synovcům, dále pak Bohuslavovi.
Ddolní tvrz prodána Bohuslavovi z Kestřan
Na Dolní tvrzi sídlí potomci starého rodu Barochů. Ctibor Baroch zemřel za krále Ladislava. Jeho syn Mikuláš Baroch prodal Dolní tvrz Bohuslavovi z Kestřan roku 1475. Od této doby Dolní tvrz postupně chátrá.
Obě tvrze prodány Jindřichovi ze Švamberka
1491 byly obě tvrze a i oba dva dvory a část vesnice prodány Jindřichovi ze Švamberka. Dolní tvrz je uvedena jako pustá.
Odkoupení tvrzí Petrem IV. z Rožmberka
1523 tyto tvrze odkoupil Petr IV. z Rožmberka. Měl ta místa rád a chtěl zde trávit stáří. Po jeho smrti, za vlády jeho synovce Jindřicha VII. z Rožmberka, byla postupně Horní tvrz obnovována. Byl postaven další dvůr. Na Dolní tvrzi byl zřízen pivovar 1553. Později tato tvrz sloužila jako sýpky i jako kravín. K tomuto panství náležela Sudoměř a Dobev. Bylo přikoupeno Zátaví.
Zřízení pivovaru
Na Dolní tvrzi byl zřízen pivovar 1553. Později tato tvrz sloužila jako sýpky i jako kravín.
Tvrz připadla manželce Elišce
1574 po smrti Jindřicha připadla tvrz jeho manželce Elišce a poté byl jejím dědicem Kryštof ze Śvamberka. 1534 po jeho smrti patří Kestřany Borské větvi rodu ze Švamberka.
Prodej části majetku Píseckým a část Drahonickým pánům
1588 prodal Jan Vilém II. ze Švamberka část majetku Píseckým a část Drahonickým pánům.
Vyplenění a drancování Kestřan
Jeho syn Jiří Ernreich ze Švamberka se nepřidal k stavovskému odboji a přesto po bitvě u Záblatí byl poškozen na svém majetku. Stejně jako ostatní vesnice byly Kestřany vypleněny a drancovány.
Prodej tvrze Zuzaně z Gerštorfu
Kestřany připadly Františce Polyxeně z Paaru. Horní tvrz jim připadala neútulná a tak si postavili nový zámek. Po smrti svého manžela vše prodala 1685 Zuzaně z Gerštorfu.
Odkup tvrze Ferdinandem ze Schwarzenberka
1700 tvrze odkoupil Ferdinand ze Schwarzenberka a ten je začlenil do svého rozsáhlého Protivínského panství.
První pozemková reforma
Došlo ke znárodnění, objekty postupně chátrají
Tvrze a zámek slouží jako dílny, byty, sklady
Objekt prohlášen za kulturní památku
Převzetí Prácheňským muzeem
V 80. letech areál převzalo Prácheňské muzeum a snažilo se o první opravy.
Vlastník Zemědělské družstvo Kestřany
V roce 1990 se stalo vlastníkem Zemědělské družstvo Kestřany.
Vlastník rodina Haladova
Od roku 2005 je vlastníkem rodina Haladova.